O biofertilizante produzido em biodigestores comerciais é um líquido rico em nutrientes essenciais para o crescimento das plantas, tais como nitrogênio (N), fósforo (P), potássio (K), micronutrientes e matéria orgânica. A concentração de nutrientes no biofertilizante varia de acordo com o substrato utilizada no biodigestor e as condições de operação do sistema. No entanto, geralmente, os biofertilizantes são altamente solúveis e prontamente disponíveis para as plantas.

Dentre os seus benefícios podemos destacar que a matéria orgânica presente ajuda a melhorar a estrutura do solo, aumentando sua capacidade de retenção de água e aeração, e também que o seu uso  contribui para a redução da poluição ambiental, uma vez que recicla resíduos orgânicos e diminui a necessidade de fertilizantes químicos sintéticos, o que diminui sensivelmente os custos de aquisição. 

O biofertilizante pode ser aplicado diretamente no solo ou como parte de sistemas de fertirrigação. Ele é especialmente benéfico para culturas de alto valor, como hortaliças, frutas e grãos, onde a qualidade do solo tem papel fundamental na produtividade. 

Com seu potencial para melhorar a fertilidade do solo, reduzir a dependência de fertilizantes sintéticos, reduzindo impactos ambientais negativos, o biofertilizante torna-se um aliado valioso também no âmbito da gestão de resíduos e na promoção da agricultura sustentável. Deve, por isso, ter o seu uso incentivado.